Рудольф Херман Христиан Карел Схеффер родился 12 сентября 1844 года[1][2][5]. Обучался в Утрехтском университете[2].
После получения высшего образования в 1867 году Шеффер приплыл на Яву в ноябре того же года[2]. С 1868 года и до своей смерти занимал должность директора Богорского ботанического сада, который в тот период носил название «Национальный бейтензоргский ботанический сад» (нидерл.S'Lands Plantentiun te Buitenzorg; Бейтензорг — голландское название Богора)[2]. В 1876 году Схеффер основал Экономический Сад и Сельскохозяйственную Школу[2]. Рудольф Херман Христиан Карел Схеффер умер 9 марта 1880 года[1][2][5].