Игра использует сенсорный экран DS в качестве основного контроллера для маневрирования обезьяны в уровне, хотя крестовина также поддерживается. Как и в предыдущих играх Super Monkey Ball, игрок, управляя обезьяной в шаре, должен пройти от начала до конца уровня за определённое время. По пути обезьяны могут собираеть бананы и получать дополнительную жизнь или очки. Всего в игре четыре персонажа: Айай, Мими, Гонгон и Малыш.