17 января 1927 года Римский папаПий XI издал буллу «Inter praecipuas», которой учредил епархию Жоинвили, выделив её из епархии Санта-Катарины, которая одновременно была возведена в ранг архиепархии и переименована в архиепархию Флорианополиса.
23 ноября 1968 года и 19 апреля 2000 года епархия Жоинвили передала часть своей территории в пользу возведения новых епархий Риу-ду-Сула и Блуменау.
5 ноября 2024 года епархия была возведена в ранг митрополии[1].