В 2013 году Бальбуэна перешёл в «Рубио Нью». 2 марта в матче против столичной «Олимпии» он дебютировал за новый клуб[6]. 31 марта в поединке против «Хенераль Диас» Фабиан забил свой первый гол за «Рубио Нью»[7].
Летом того же года он перешёл в столичный «Насьональ». 3 августа в матче против «Соль де Америка» Бальбуэна дебютировал за новый клуб[8]. 3 мая 2014 года в поединке против «Спортиво Лукеньо» Фабиан забил свой первый гол за «Насьональ»[9]. В том же году он помог клубу выйти в финал Кубка Либертадорес.
Летом Бальбуэна перешёл в «Либертад». 24 августа в матче против своего бывшего клуба «Рубио Нью» он дебютировал за новый клуб[10]. 26 октября в поединке против «Депортиво Капиата» Фабиан забил свой первый гол за «Либертад»[11]. В том же году он помог команде выиграть чемпионат Парагвая.
15 февраля 2016 года перешёл в бразильский «Коринтианс». Дебютировал в новой команде в матче Лиги Паулисты против «Сан-Бенту» 24 февраля. Игра закончилась со счётом 1:1[12]. 19 марта в матче поединке против «Линенсе» Бальбуэна забил свой первый гол за «Коринитианс»[13]. 15 мая в матче против «Гремио» он дебютировал в бразильской Серии A[14].
9 июля 2021 года московское «Динамо» объявило о подписании защитника[18]. 23 июля в матче против «Ростова» он дебютировал в РПЛ[19].
10 июля 2022 года приостановил контракт с «Динамо» согласно решению ФИФА на фоне вторжения России на Украину. 18 июля подписал контракт с бразильским «Коринтиансом»[20].
31 мая 2025 года «Динамо» объявило об уходе Бальбуэны в связи с истечением срока контракта[21].
26 июля 2025 года Бальбуэна подписал контракт с бразильским клубом «Гремио» до 30 июня 2027 года[22].
