12 июля 1924 года Баня-Лукско-Бихачская епархия была разделена на Баня-Лукскую епархию и Бихачскую епархию[1], но 16 ноября 1931 года епархия вновь была присоедена к Баня-Лукской епархии.
Большой урон епархии нанесён в 1995 году в ходе операции хорватских войск «Буря», в результате которой уничтожено 26 и сильно повреждено 68 храмов, пострадало более 30 других церковных объектов. В Ливно был взорван склеп-памятник с останками жертв хорватских усташей во время Второй мировой войны. На начало 2000 года большинство священников епархии находилось в изгнании. Епископ Бихачско-Петровацкий Хризостом смог возвратился в свой кафедральный город лишь осенью 2002 года.
Пузовић, Предраг. Страдање свештеника Српске православне цркве у Босни и Херцеговини током Првог светског рата // Православни свет и Први светски рат: Зборник радова. — Београд : Православни богословски факултет, Институт за теолошка истраживања, 2015. — P. 141-160.