Несмотря на близкое соседство с Ливонским орденом, основанный преподобным Иларионом монастырь быстро стал значительным религиозным центром; стараниями святого православие распространялось среди эстонцев.
Отдав много сил благоустройству и развитию монастыря, преподобный Иларион преставился 28 марта1476 года и был погребён у северных врат алтаря в Покровском храме созданной им обители.
В 1623 году Спасо-Елеазаровский монастырь был еще самостоятельным, а в 1695 году был приписан к Псковскому архиерейскому дому[2].