Кануто — воспитанник клуба «Унион Санта-Фе» из своего родного города, в составе которого дебютировал в аргентинской Примере. В 2006 году он на правах аренды выступал за «Спортиво Бен Хур». В 2008 году Игнасио перешёл в «Архентинос Хуниорс». В матче против «Химансии Хухуй» он дебютировал за новую команду. 1 ноября в поединке против «Тигре» Кануто забил свой первый гол за «Архентинос Хуниорс»[3]. В следующем сезоне он помог команде выиграть чемпионат.
В начале 2013 года Кануто перешёл в эквадорскийЛДУ Кито. 10 февраля в матче против «Эль Насьоналя» он дебютировал в чемпионате Эквадора[7]. В этом же поединке Игнасио забил свой первый гол за ЛДУ Кито. В начале 2014 года Кануто вернулся на родину, подписав контракт с «Тигре». 7 февраля в матче против «Велес Сарсфилд» он дебютировал за новый клуб[8]. 19 февраля в поединке против «Расинга» Игнасио забил свой первый гол за «Тигре»[9].
Летом 2017 года Игнасио перешёл в «Ланус». 26 сентября в матче против «Ньюэллс Олд Бойз» он дебютировал за новую команду[13]. В начале 2018 года Кануто вернулся в «Тигре».
