Кубок Молдавии по футболу сезона 2006/07 — шестнадцатый розыгрыш Кубка Молдовы, проводился с августа 2006 по 09 мая 2007 года. Обладателем трофея стал кишинёвский «Зимбру», обыгравший в финале «Нистру» со счётом 1:0. Победитель кубка получил право выступать в первом отборочном раунде Кубка УЕФА 2007/08[1].