Лончар — воспитанник клуба «Сутьеска». 16 августа 2014 года в матче против «Ловчена» он дебютировал в чемпионате Черногории[1]. 27 сентября в поединке против «Зета» Стефан забил свой первый гол за «Сутьеска»[2]. В 2016 году игрок перешёл в сербский «Рад», но не сыграв ни одного матча вернулся обратно в родной клуб. В 2018 году он помог команде выиграть чемпионат. В 2019 году Лончар подписал контракт с испанским «Алавесом»[3] и сразу же был отдан в аренду в хорватский «Истра 1961». 17 февраля в матче против «Осиека» он дебютировал в чемпионате Хорватии[4]. 29 сентября в поединке против сплитского «Хайдука» Стефан забил свой первый гол за «Истру 19161»[5].
В 2021 году Лончар перешёл в «Нови-Пазар». 17 июля в матче против «ТСЦ» он дебютировал в сербской Суперлиге[6]. 21 октября в поединке против «Напредака» Стефан забил свой первый гол за «Нови-Пазар»[7].
