Летом 2013 года перешёл в «Явор». 11 августа Милетич сыграл свой первый матч в суперлиге Сербии против родного красно-белого клуба, который был разгромлен со счётом 3:0.
В 2016 году Неманья подписал четырёхлетний контракт с белградским «Партизаном». 14 августа дебютировал в основе своего нового клуба в матче с командой «Чукарички», который «Партизан» выиграл с минимальным счётом.
30 августа 2019 года подписал контракт с клубом «Корона».
26 февраля 2021 года подписал долгосрочный контракт с клубом «Уфа»[1]. Дебютировал 3 марта в матче 1/8 финала Кубка России против «Урала», проведя на поле 89 минут и был заменён[2].