Команда была образована в 2008 году поклонниками лиссабонской «Бенфики»[1]. В сезоне 2009/10 «Пенья Энкарнада» впервые приняла участие во втором дивизионе Андорры и заняла 7 место[2]. В последующих четырёх сезонах клуб был аутсайдером Сегона Дивизио. Весной 2014 года «Пенья Энкарнада» участвовала в Кубке Федерации.
В сезоне 2014/15 команда заняла первое место во втором дивизионе и вышла в Примера Дивизио[3]. Игрок Жоао Лима с 24 голами стал лучшим бомбардиром турнира[4].
Свою первую игру в высшем дивизионе команда провела 27 сентября 2015 года против «Энкама» (1:1). Первый гол «Пеньи Энкарнады» забил Цезарь Освальдо Эрнандес Уррутиа[5]. По итогам сезона команда заняла последнее 8 место и вернулась в Сегону. В этом сезоне клуб «Каррой» являлся фарм-клубом «Пеньи Энкарнады»[6].
В январе 2017 года клуб арендовал у «Сан-Жулии» троих игроков — Франческа Эстрагеса и Карлоса Гомеса и Диего Мариньо[7]. Проведя в составе команды лишь вторую часть сезона Мариньо стал лучшим бомбардиром команды с 20 забитыми голами, заняв тем самым второе место в списке голеадоров Сегоны. К тому же Гомес забил 16 мячей. По итогам сезона «Пенья Энкарнада» заняла второе место во втором дивизионе, уступив «Интеру» и ей предстояли два поединка в рамках борьбы за место в чемпионате Андорры против седьмой команды Примеры. Первая игра против «Ордино» завершилась поражением со счётом (0:2). В ответной игре команда сумела обыграть соперника с разгромным счётом (5:1) и вернулась в Примера Дивизио[8].
Стадион
Футбольная федерация Андорры проводит матчи Примера и Сегона Дивизио на принадлежащих ей стадионах[9][10]. Также федерация распределяет стадионы и поля для тренировок для каждой команды[11]. Стадион «Комуналь д’Ашоваль» расположен на юге Андорры в Сан-Жулиа-де-Лория и вмещает 899 зрителей[12]. Иногда матчи проводятся в приграничном с Андоррой испанском городе Алас-и-Серк, на стадионе «Сентре Эспортиу д'Алас», вмещающем 1500 человек[13] или на тренировочном поле в Ордино[14].
