Рохас начал профессиональную карьеру в клубе «Текнико Университарио». В 2009 году он перешёл в «Эмелек», с которым в первом же сезоне завоевал серебро Примеры А. В 2011 году Рохас на правах аренды отправился в мексиканский «Монаркас Морелия». 9 января в матче против «Атласа» он дебютировал в мексиканской Примере[4]. 20 февраля в поединке против «Америки» Жоао забил свой первый гол за команду[5]. После удачного сезона руководство «персиков» выкупило трансфер Рохаса у «Эмелека». После бронзы Клаусуры, Жоао провёл ещё два сезона в Морелии.
Летом 2013 года он перешёл в «Крус Асуль». 21 июля в матче против «Монтеррея» Рохас дебютировал за новый клуб[6]. Через неделю в поединке против «Сантос Лагуна» он забил первый гол за команду[7].
В 2022 году Рохас вернулся на родину, заключив соглашение с «Оренсе». 3 апреля в матче против «Мушук Руна» он дебютировал за новый клуб[14]. 20 апреля в поединке против ЛДУ Кито Жоао забил свой первый гол за «Оренсе»[15]. В начале 2023 года Рохас перешёл в перуанский «Депортиво Гарсиласо». 11 февраля в матче против АДТ Тарма он дебютировал в перуанской Примере[16]. В этом же поединке Жоао забил свой первый гол за «Депортиво Гарсиласо».
.svg){kind=link}
