Пфальцграф Рупрехт управлял Фрейзингским епископством, не имея духовного сана (1495—1498). Отказался от епископства в пользу брата Филиппа.
В 1499 году женился на своей двоюродной сестре Елизавете[нем.] (1478—1504), дочери Баварско-Ландсхутского герцога Георга Богатого. Тесть усыновил Рупрехта и объявил его наследником герцогства. Это привело к Войне за ландсхутское наследство, начавшейся после смерти Георга Богатого в 1503 году.
В разгар войны Рупрехт и Елизавета умерли от дизентерии. В 1505 году решением Кёльнского рейхстага было создано герцогство Пфальц-Нойбург, переданное их малолетним сыновьям в качестве компенсации.
Потомство
Оттон Генрих (10 апреля 1502 — 12 февраля 1559) — герцог Пфальц-Нойбургский с 1505, курфюрст Пфальцский с 1556
Филипп (12 ноября 1503 — 4 июля 1548) — герцог Пфальц-Нейбург в 1505—1541.