Сальданья — воспитанник клубов «Сантос», «Гремио Аудакс» и «Баия». 23 января 2020 года в матче Лиги Баиано против «Жуазейренсе» он дебютировал за основной состав последних[1]. 9 февраля в поединке против «Жакобины» Матеус забил свой первый гол за «Баию»[2]. 13 августа в матче против «Коритибы» он дебютировал в бразильской Серии A[3]. В 2021 году Сальданья на правах аренды перешёл в японский «ДЖЕФ Юнайтед Итихара Тиба». 1 мая в матче против «Альбирекс Ниигата» он дебютировал во Второй Джей-лиге[4]. 9 мая в поединке против «Фаджано Окаяма» Матеус забил свой первый гол за «ДЖЕФ Юнайтед Итихара Тиба»[5]. По окончании аренды клуб выкупил трансфер игрока.
В начале 2023 года Сальданья на правах аренды перешёл в бакинский «Нефтчи». 1 февраля в матче против «Зири» он дебютировал в чемпионате Азербайджана[8]. 5 февраля в поединке против «Сумгаита» Матеус забил свой первый гол за «Нефтчи»[9]. Летом того же года Сальданья перешёл в белградский «Партизан».
3 сентября 2024 года подписал контракт с венгерским клубом «Ференцварош»[10].