Фернандес — воспитанник клуба «Депортиво Тачира». В 2004 году он дебютировал в венесуэльской Примере. За время выступлений за клуб Марлон дважды стал чемпионом Венесуэлы. Летом 2010 года Фернандес перешёл в «Депортиво Лара». 8 августа в матче против «Сулии» он дебютировал за новую команду[3]. 24 сентября в поединке против «Саморы» Марлон забил свой первый гол за «Депортиво Лара»[4].
В начале 2012 года Фернандес на правах аренды перешёл в болгарский «Черно море»[5]. В матче против «Левски» он дебютировал в чемпионате Болгарии. В поединке против «Минёра» Марлон забил свой первый гол за «Черно море».
В начале 2015 года Фернандес на правах аренды присоединился к колумбийскому «Депортиво Пасто». 16 февраля в матче против «Онсе Кальдас» он дебютировал в Кубке Мустанга[10]. 23 февраля в поединке против «Атлетико Насьональ» Марлон забил свой первый гол за «Депортиво Пасто»[11]. В начале 2016 года Фернандес подписал контракт с «Карабобо». 31 января в матче против «Петаре» он дебютировал за новую команду[12]. 13 февраля в поединке против «Депортиво Ансоатеги» Марлон забил свой первый гол за «Карабобо»[13].
