Хотя белки являются наиболее распространённым субстратом фосфатаз, некоторые фосфатазы дефосфорилируют фосфорилированные липиды, сахара и нуклеотиды. Например, фосфатаза PTEN специфически дефосфорилирует сигнальный липид фосфатидилинозитол-3,4,5-трифосфат.
В зависимости от природы активной группы фермента фосфатазы делятся на два типа: цистеинзависимые фосфатазы и металлофосфатазы. Типичным представителем группы фосфатаз является щелочная фосфатаза, широко используемая в диагностических и лабораторных целях.