В 1911 году Фишер стал заведующим кафедрой электрохимии в Высшей технической школе города Шарлоттенбург, пригород Берлина (ныне является одним из районов).
В 1913 году Обществом кайзера Вильгельма был назначен первым директором Института исследования угля имени Кайзера Вильгельма (ныне Институт исследований угля Общества Макса Планка) в Мюльхайм-ан-дер-Руре. В этом институте Франц познакомился с Гансом Тропшем. Они проводили совместные исследования по синтезу углеводородов. На базе лабораторий компании BASF им удалось получить смесь углеводородов при реакции монооксида углерода и водорода, но содержание искомых веществ был крайне низким. Позже учёные подобрали необходимые катализаторы и параметры протекания реакции — и среди продуктов взаимодействия остались только углеводороды и вода. Эта реакция была названа в честь её создателей — процесс Фишера — Тропша.