4 июля1872 годаОтто Бисмарк запретил деятельность иезуитов на территории империи. Иоганн Хаген покидает страну и уезжает в Великобританию, где он становится священником. В июне 1880 года Иоганн переезжает в США; там он начинает преподавать в Колледже Святого Сердца в Прерии Дю Шен, штат Висконсин. Вскоре он начинает серьёзно заниматься астрономией — строит небольшую обсерваторию и занимается наблюдениями. В 1888 году его приглашают работать в обсерватории Джорджтаунcкого университета в качестве директора. Здесь он продолжает свои исследования и публикует множество научных работ. С 1906 года, по приглашению папы Пия X, Иоганн Хаген работает в Ватиканской обсерватории в Риме. Умер Иоганн Хаген в 1930 году.