В 2120 году Землю и колонизированную Солнечную систему контролируют пять корпораций, включая недавно основанную корпорацию «Продиджи». Исследовательское судно дальнего космоса USCSS «Мажино» компании «Вейланд-Ютани» приближается к Земле после 65-летней экспедиции по добыче внеземных образцов, среди которых есть и лицехваты. На Земле, на исследовательском острове Продиджи «Нетландия», смертельно больная девочка по имени Марси становится первым гибридом: её сознание пересаживают в тело взрослого синтетика, и она берёт имя Венди. Осваиваясь в новом теле с помощью синтетика-наставника Кирша, Венди курирует нескольких других детей, прошедших ту же процедуру.

Венди, постоянно просматривая видеозаписи, ищет своего брата Джо Хермита, и находит его - он работает медиком в составе команды спасения. Бой Кавальер рассказывает своей подчинённой Даме Сильвии, что создал проект «Гибрид», чтобы позволить человечеству конкурировать с искусственным интеллектом, и наделил Венди дополнительными способностями, поскольку хочет создать личность, умнее его самого. Он отклоняет запрос «Вейланд-Ютани» на получение содержимого «Мажино», предупреждая, что любое вторжение на его территорию будет расценено как враждебный акт. Джо Хермит в составе команды спасения попадает «Мажино», там на него и команду нападает и преследует взрослый Ксеноморф, Джо с командой разделяются, пришелец выслеживает Джо на верхних этажах башни, убивает ещё одного солдата и устраивает резню в квартире неэвакуировавшихся состоятельных жителей. Морроу спасает Джо, оглушив электрошокером Ксеноморфа и Джо. Пришелец приходит в сознание и сбегает, убив множество других солдат, но пощадив самого Морроу. Прибыв в Нью-Сиам на место, гибриды Татлс (Шалун), Сми (Неряха), Нибс (Хвастунья) и Кёрли (Задира) добираются до биолаборатори «Мажино», где на Нибс нападает осьминогоподобный глаз T. Ocellus / Вид 64. Гибриды отражают нападаение, но Нибс получает психологическую травму. Венди находит своего брата вместе со Слайтли (Малышом), другим гибридом, но Джо не узнаёт Венди. Слайтли раскрывает истинную личность Венди шокированному Джо, который считал, что Венди/Марси умерла.

Нибс спрашивает Кёрли, почему всех гибридов назвали в честь персонажей из «Питера Пэна» и почему Марси досталось имя Венди. Кавальр приказывает доставить образцы пришельцев на остров «Нетландия» для изучения, несмотря на возражения Кирша и Дамы Сильвии. Морроу находит и допрашивает Сми и Слайтли, охраняющих яйца Ксеноморфа. Морроу скачивает данные об образцах с «Мажино» и незаметно устанавливает коммуникационное устройство на Слайтли, а когда Кирш обращается к Морроу, сбегает. Тем временем Венди и Джо сражаются с Ксеноморфом, Венди убивает пришельца, оба получают серьёзные ранения. Компания «Продиджи» получает то, что искала - содержимое лаборатории, ксеноморфа, яйца. Вернувшись на остров, Джо переносит операцию на лёгком, супруги Сильвии ухаживают за Венди. Сбежав в Нью-Сиам, Морроу звонит Ютани и настаивает на том, чтобы забрать образцы, несмотря на приказ вернуться домой. Кёрли сталкивается с Кавальером, в ней просыпается гордыня, ведь она считает себя лучшим гибридом, чем Венди. Бой Кавальер играет на чувствах Кёрли, обещая её приблизить к себе. Морроу связывается со Слайтли через внедрённое устройство, убеждая его стать своим другом. Кирш, Татлс и Кёрли извлекают лицехвата из яйца, препарируют лицехвата и подсаживают его личинку к удалённому во время операции лёгкому Джо. Показывается новая стадия развития Ксеноморфа - личинки - промежуточная стадия между лицехватом и грудоломом. Особенно жутко то, что для развития ему не обязательно нужно живое тело. Кирш демонстрирует, что существо может расти и в искусственной среде.

Артур и Дама Сильвия поднимают тему гуманности эксперимента «Продиджи»: Артур ставит под сомнение то, чем они всё время занимались, высказывая сомнение, что гибриды это люди, а не ИИ, думающие, что они люди, и опасение, что эксперимент убил шестерых детей. Когда Венди просыпается, Артур настраивает её слух так, чтобы она могла слышать яйца Ксеноморфов, не испытывая боли, и она обнаруживает, что может говорить на языке Ксеноморфов на частоте, слышимой людям. Кирш и Татлс тестируют T. Ocellus / Вид 64 на овце, оно внедряется в мозг овцы через глазницу, вызывает резкий рост мозговой активности, это указывает на наличие у существа определённого уровня интеллекта. Морроу связывается со Слайтли, убеждая того раскрыть своё настоящее имя в знак доверия, и просит его украсть яйцо Ксеноморфа. Нибс (Хвастунья) разговаривает с Дамой Сильвией и рассказывает о том, что, по её мнению, беременна. Когда Дама пытается сказать обратное, Нибс становится неуравновешенной и в конце концов попадает под домашний арест, о чём она даже не подозревает. Джо Хермит, пресытившись тем, что с Венди обращаются скорее как с инструментом, чем как с личностью, пытается уйти и покинуть свою должность, но Атом Эйнс ставит его перед фактом, что уход означает большой счёт за операцию на лёгком, а также гарантирует, что он больше никогда не увидит Венди.

Сми (Неряха) обнаруживает, что Слайтли прячет обездвиженное тело Артура в своей комнате, и тот уговаривает его помочь отнести Артура на пляж, чтобы передать Морроу. Пока охрана заново изолирует «мух» и очищает лабораторию, Венди испытывает отвращение к тому, что компания пытается представить смерть Татлса как несчастный случай, и уговаривает Нибс присоединиться к ней и Джо в побеге с острова. По пути Венди взламывает систему, чтобы выпустить взрослого Ксеноморфа в лаборатории в качестве отвлекающего манёвра; тот устраивает разгром и сбегает в лес. Кирш находит Слайтли и Сми, несущих тело Артура, но на самом деле помогает им выбрать более быстрый путь к пляжу. На окраине острова лицехват отпадает от лица Артура и он приходит в себя. Артур начинает вспоминать события и уговаривает их вернуться, но новорождённый Ксеноморф разрывает его грудь и сбегает. Гибриды вместе с телом Артура достигают пляжа, где к ним приближается группа захвата «Вейланд-Ютани» во главе с Морроу. Увидев, что они не принесли ему новорождённого, Морроу берёт их в плен. После того как Кирш показывает Бою Кавальеру, что T. Ocellus / Вид 64 стал причиной инцидента в лаборатории, Кавальер пытается наладить с ним диалог, сталкивается с ограничениями носителя Вида 64, вселившегося в тело овцы. Бой Кавальер решает предоставить T. Ocellus / Виду 64 человеческого носителя, чтобы полноценно общаться с ним, а Атом Эйнис заявляет, что знает идеального кандидата. На окраине Венди, Джо и Нибс оказываются под прицелом оперативников «Вейланд-Ютани», но Венди использует свои навыки общения, чтобы взрослый Ксеноморф убил оперативников. Она успокаивает его, и существо щадит Венди и ее спутников. Морроу и его отряд проникают на объект, но их перехватывает Кирш, который поймал новорождённого Ксеноморфа и берёт их в плен.