Основан в 2002 году. В 2005 году играл в северной зоне Первой лиги Кыргызстана, став победителем. С 2006 года выступал в Высшей лиге, где был середняком (лучший результат — 5-е место в сезонах-2008 и 2010).
В Кубке Кыргызстана лучшим достижением стал выход в полуфинал в 2006 и 2008 годах, в обоих случаях команда уступала в двухматчевом противостоянии «Дордой-Динамо».
Ряд игроков клуба вызывались в национальную сборную Кыргызстана[1]. Также за «Шер» выступали легионеры — серб Борис Нафал, гвинеец Мэтью Лама, украинец Владимир Яглинский.