С 1860 по 1864 год Брюэр был первым помощником Геологической службы Калифорнии и провёл широкие ботанические исследования областей, которые были ещё в значительной степени неизученными[2].
В 1864 году Уильям Генри Брюэр стал профессором сельского хозяйства[2]. Он был профессором сельского хозяйства в Йельском университете и занимал эту должность в течение почти сорока лет[3].