Ленни Белардо становится первым американским папой и берёт имя Пий XIII. Вскоре его желание отвергнуть как гласность, так и либеральную философию своего предшественника вызывает потрясение в Ватикане. Сестра Мэри, монахиня, которая вырастила Ленни, становится его личным секретарём и сразу же становится главным соперником могущественного кардинала Войелло, государственного секретаря Ватикана. Кардинал Спенсер, наставник Ленни и изначальный фаворит на высочайший пост, тяжело переживает потерю шанса стать Папой.

Ленни планирует возглавить возрождение консервативного христианства, несмотря на усилия Спенсера и Войелло. Ленни заставляет Войелло признать, что либералы в Коллегии кардиналов не допустили избрание консерватора Спенсера, что привело к соглашению между двумя мужчинами о том, чтобы использовать Ленни как марионетку. Когда Ленни угрожает отлучить Войелло от церкви, либеральный кардинал вынужден поклясться ему в верности. Позже, во время случайной встречи с Эстер, женой швейцарского гвардейца, у Ленни случается приступ.

Ленни узнаёт, что у одной из его монахинь на Шри-Ланке умирает сестра, и она просится поехать туда на похороны. Ленни отказывает, но позже организовывает доставку тела сестры монахини в Ватикан для погребения, а затем на похоронах отчитывает сестру за плач. Комментарии Ленни о помощнике-гее женщины премьер-министра Гренландии (с которым флиртовали некоторые кардиналы) и его своеобразное обращение к самой премьер-министру отдаляют от него Софию, главу отдела маркетинга Ватикана и ближайшего союзника Ленни вне Святого Престола. По телевизору показывают передачу, героем которой становится нашумевший Тонино Петтола — пастух, утверждающий, что он потомок Девы Марии и папы Пия, а также утверждающий о своей способности исцелять больных. Цель его выступления — обращение к Папе Римскому о признании его дара католической церковью, в противном случае он грозится основать свою церковь. Войелло устраивает Эстер на работу в качестве помощницы папы в надежде, что у них начнётся сексуальная связь, которую он сможет использовать в своих интересах. На одной из прогулок Ленни признаётся Эстер, что она похожа на его единственную бывшую девушку. И также раскрывает ей главный её секрет — что Эстер не может иметь детей. Эстер признаёт это, и добавляет, что её муж тоже бесплоден. На следующей прогулке Эстер просит Ленни научить её молиться — для того, чтобы получить повод сблизиться с ним. Но Ленни лишь учит её, как правильно молить о своих желаниях. Позже, прогуливаясь вечером возле дома Эстер, Ленни видит через окно их с мужем во время секса. В этот момент Ленни обращается к Деве Марии с мольбой помочь бесплодной Эстер зачать ребёнка.

Эстер, под давлением Войелло, пытается побудить Ленни к близости. Но Ленни отвергает её, говоря, что он стал священником и отказался от всего, потому что любить людей - это мучительно. Следившего за этой сценой в саду Войелло трогают слова папы, и он меняет своё решение шантажировать Ленни этими снимками. Позже, в частной беседе с сестрой Мэри, Войелло признаётся ей в содеянном и отдаёт в её руки флешку с фотографиями. Ленни показывает, что уже давно знает все секреты ближайшего окружения, в том числе Войелло и Томмасо. В Ватикан доставляют папскую тиару, и Ленни наконец обращается к кардиналам с речью, где обозначает, что он будет бескомпромиссным и ему угодно абсолютное подчинение, после чего Спенсер, Дюсолье, Войелло целуют папе край туфли.

Войелло и Дюсолье отчаянно пытаются заставить Ленни увидеть масштаб катастрофы, вызванной его действиями. Сестра Мэри принимает решительные меры, чтобы спасти Церковь - подбрасывает в почту Ленни неподписанный конверт с недостающей деталью трубки отца Ленни, которую он хранит с детства. Ленни потрясён и принимает это как знак, что родители нашли его сами и хотят воссоединения. Тем временем сестра Мэри тайно сообщает Войелло, что предприняла шаги для помощи церкви и пришло время действий с его стороны. Это производит глубокое впечатление на Войелло. Кардиналы заключают сделку со Спенсером, присягнув ему как будущему папе. Войелло и сестра Мэри нанимают подставных отца и мать Ленни, чтобы, пока он взволнован предстоящей встречей с "родителями", подсунуть ему на подпись ряд важных документов по упрощению ранее им принятых жёстких мер. Однако, Ленни раскрывает обман и пытается вычислить предателя. Чуть позже, в беседе со Спенсером, Ленни признаёт, что "Пий 13й облажался" и что он хочет отречься. Тем временем Дюсолье, считающий себя виновным в самоубийстве Санчеса, говорит Ленни и сестре Мэри, что хочет все бросить. Он собирает вещи и возвращается в Гондурас, где ранее служил епископом и имел тайную сексуальную связь с женой местного наркобарона. По прилёте его встречает наркобарон, отвозит в пустынное место и убивает, оставив тело у обочины дороги. Ленни признается Мэри, что момент, когда она подбросила ему деталь трубки, был самым трогательным в его жизни.

В Нью-Йорке кардинал Гутьеррес, теперь убеждённый в вине Кёртвелла, отчаянно пытается убедить его бывших жертв дать показания, но они отказываются, кто-то получил откуп, кто-то не желает наживать себе врага в лице влиятельного священника. Ленни, осознав, какими мучениями оказалось порученное дело для Гутьерреса, говорит ему вернуться невзирая на то, что задание не выполнено. В это же время Гутьерреса начинает преследовать странный мужчина в жёлтом парике, который представляется как Дэвид Тэннистан - по фамилии его матери, он говорит, что он сына Кёртвелла. Кёртвелл достаёт из сейфа случайно попавшие к нему когда-то в руки письма Ленни к его давней возлюбленной, которые он считает компроматом на папу. Однако, издатель, прочитав все письма, сообщает Кёртвеллу, что это не является компроматом, поскольку в последних письмах Ленни признаётся, что они никогда не будут доставлены своему адресату. Кёртвеллу приходится подчиниться и поехать в Ватикан. Тем временем, письма Ленни все же запускаются в печать под названием "Любовные письма папы". Они настолько прекрасны, что мгновенно становятся всемирной сенсацией и доходят до своего адресата. К Гутьерресу попадают фотографии, на которых Кёртвелл с любовником, кардинал приходит к Кёртвеллу и объявляет, что они вместе едут в Ватикан, где Кёртвелла будут судить, его машину уже конфисковали. Спенсер, находящийся на смертном одре в Ватикане, просит Ленни рассказать о чуде, которое тот совершил в подростковом возрасте с умирающей матерью его друга; после чего Спенсер умирает. В то же время, Ленни узнаёт, что Эстер с семьёй переехала к самому морю, в Остию, где её муж устроился частным охранником. Однажды он прилетает к ней на вертолёте, только чтобы оставить своё фото с малышом Пием, которое они не взяли при побеге, возле песчаного замка на пляже, где играет её сын.