Меню
Главная
Случайная статья
Настройки
|
SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2[2], ранее 2019-nCoV[3][4]) — оболочечный одноцепочный (+)РНК-вирус[5][6], относящийся к подроду Sarbecovirus[англ.][7] рода Betacoronavirus[англ.][6][8].
SARS-CoV-2 впервые выявлен в декабре 2019 года, вызывает опасное инфекционное заболевание COVID-19[6].
В январе 2020 года Всемирная организация здравоохранения объявила вспышку эпидемии, связанной с SARS-CoV-2, чрезвычайной ситуацией в области здравоохранения международного значения[9], а 11 марта 2020 года охарактеризовала принявшее мировой масштаб распространение болезни как пандемию[10][11].
Содержание
История изучения
Вирус SARS-CoV-2 впервые обнаружен в декабре 2019 года в результате анализа нуклеиновой кислоты у пациента с пневмонией[12]. 31 декабря 2019 года Всемирная организация здравоохранения была оповещена о нескольких случаях вирусной пневмонии, вызванной неизвестным патогеном. 7 января 2020 года информация о новом вирусе была подтверждена, а сам вирус был отнесён к коронавирусам[13]. Первыми геном вируса полностью расшифровали службы здравоохранения Китая[14], 10 января его сделали публично доступным[15]. До 12 января 5 геномов были зарегистрированы в базе данных GenBank[16][17], к 26 января их количество выросло до 28[18]. За исключением самого раннего генома, геномы находятся под эмбарго в GISAID[англ.]. Филогенетический анализ доступен через Nextrain[19]. 20 января 2020 года в китайской провинции Гуандун была подтверждена передача вируса от человека к человеку[20].
Коронавирусы, к которым относится SARS-CoV-2, обычно вызывают ОРВИ, но к этому же семейству относятся опасные вирусы SARS-CoV и MERS-CoV, вызывающие тяжёлый острый респираторный синдром и ближневосточный респираторный синдром соответственно[13]. Коронавирусная инфекция является зооантропонозной, то есть возможна передача от животных к человеку. Выяснено, что источником SARS-CoV были циветы, а MERS-CoV — одногорбые верблюды[21]. Возможно, что и в случае SARS-CoV-2 источником инфекции являются животные — генетический анализ вируса выявил схожесть с коронавирусами, распространёнными среди подковоносых летучих мышей, однако пока достоверно неизвестно, являются ли они изначальным источником инфекции. Сейчас же основным способом распространения вируса является передача от человека к человеку[22].
Учёные из разных стран проанализировали геном вируса и подтверждают тот факт, что вирус с очень большой долей вероятности имеет природное происхождение. Различные же теории заговоров создают атмосферу страха, слухи и предрассудки, подобные теории осуждаются научным сообществом. Вместе с генеральным директором ВОЗ учёные призывают продвигать научные доказательства вместо дезинформации[23].
Эпидемиология
Максимальный инкубационный период до 14 дней[24]. На стадии инкубационного периода выявление заболевших тепловизорами неэффективно, так как температура тела может быть в пределах нормы или быть незначительно завышенной[25].
По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний США предполагается, что передача инфекции происходит микрокаплями (droplets) и аэрозолем. В клинических рекомендациях Министерства здравоохранения Российской Федерации указано, что механизм передачи вируса аэрозольный (воздушно-капельный, воздушно-пылевой пути) и контактный[26].
Согласно последним данным, SARS-CoV-2 (как и SARS-CoV-1) способен оставаться жизнеспособным вне организма от 3 часов до 4 дней в зависимости от поверхности объекта[27]. Наиболее стабильно вирус сохраняется на нержавеющей стали (2 суток) и пластике (3 суток). В этот период его концентрация снижается больше, чем на 3 порядка. В зависимости от условий концентрация вируса уменьшается в 2 раза на нержавеющей стали за первые 3-7 часов, а на пластике — за первые 5,5-9 часов. В воздухе концентрация вируса падает на порядок за 3 часа в лабораторных условиях, в то время как на стали — за 18-19 часов, а на пластике — за 20 часов и в редких исключениях за 22 часа. Нет какого-либо риска заражения при получении посылок или писем[28].
Индекс репродукции, по данным Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний, оценивается между 2 и 3, что по определению индекса соответствует количеству людей, которые заражаются от одного инфицированного, одно из исследований оценило среднее значение по состоянию на 22 января 2020 года в 2,2 (другое ранее проведённое исследование показывало диапазон 3,3—5,47[29][неавторитетный источник]).
В общем случае, значения данного числа, большие 1, означают, что эпидемия будет распространяться, а уменьшить число помогают меры противодействия распространению инфекции[30].
Распространение вируса
Первые случаи заболевания COVID-19 были зарегистрированы в декабре 2019 года в китайском городе Ухань. Большинство заболевших китайские власти связали с местным оптовым рынком морепродуктов Хуанань, где продавались живые животные[31]. На ранних этапах количество заражённых удваивалось примерно каждые 7,5 дней[32]; к середине января 2020 года вирус проник и в другие провинции Китая — этому способствовал статус Уханя как важного транспортного узла и возросшее число поездок в связи с приближающимся китайским Новым годом[33]. Зимой 2019—2020 годов большинство новых случаев заболевания и смертей приходилось на Хубэй — провинцию Китая, центром которой является Ухань; однако уже 26 февраля количество новых случаев COVID-19 за пределами Китая превысило количество заражений в пределах этой страны[34]. В конце января 2020 года Всемирная организация здравоохранения присвоила распространению заболевания статус «чрезвычайной ситуации международного значения»[9], а в марте охарактеризовала его как пандемию[10].
Инфекция
Инфекция может протекать как в форме лёгкой острой респираторной вирусной инфекции[35], так и в тяжёлой форме[36]. У большинства людей болезнь заканчивается выздоровлением, при этом специфических лечебных мероприятий не требуется[37]. Осложнения тяжёлых случаев могут включать пневмонию или дыхательную недостаточность с риском смерти[38][39].
Вирусология
Таксономия
Последовательности бетакоронавируса обнаруживают сходство с бетакоронавирусами, выявленными у летучих мышей из Китая. Однако вирус генетически отличается от других коронавирусов, которые вызывают[41]:
SARS-CoV-2, как и SARS-CoV, является членом линии Beta-CoV B[41].
Структурная биология
По состоянию на 29 марта 2020 года выделено 2058 геномов вируса SARS-CoV-2, в котором уже заметны тенденции к эволюционированию. Как минимум 7 мутаций относятся к одному предку[42].
Длина РНК-последовательности SARS-CoV-2 составляет около 30 000 нуклеотидов.
РНК варианта Wuhan-Hu-1[16] (номер GenBank MN908947, RefCeq NC_045512[18]) SARS-CoV-2 содержит 29 903 нуклеотида с нетранслируемыми участками длиной 281 и 325 нуклеотидов. Предполагаемые кодирующие области распределены по 10 белкам.
Генетически вирус на 80 % идентичен SARS-CoV
Размер вириона порядка 50-200 нанометров. Белковое моделирование, осуществлённое на основе расшифрованного генома вируса, показало, что рецептор-связывающий гликопротеин шипа коронавирусов[англ.] может иметь достаточно высокую аффинность к белку человека ангиотензинпревращающий фермент 2 (АПФ2, англ. ACE2) и использовать его как точку входа в клетку[43]. В конце января 2020 года две группы в Китае и США независимо друг от друга экспериментально показали, что именно АПФ2 является рецептором для вируса SARS-CoV-2[44][45][46], так же как и для вируса SARS-CoV[47]. В марте 2020 в препринте статьи было выдвинуто предположение, что вирус для проникновения в клетки человека использует белок SP, с помощью которого взаимодействует с белком басигином (CD147) заражаемой клетки человека[48][49].
Варианты вируса
С начала вспышки болезни в Китае до марта 2020 года, на основе анализа 103 публично доступных геномов SARS-CoV-2 было обнаружено не менее 149 изменений
Анализ 160 образцов генома SARS-CoV-2, выделенных у заболевших людей, показал, что разновидности коронавируса A и C распространены у европейцев и американцев, а разновидность B наиболее распространена в Восточной Азии[52][53].
|
|