1-Нонанол имеет схожие с другими первичными спиртами токсикологические свойства. Он плохо проникает через кожу и сильно раздражает глаза. Пары вредны для органов дыхания и могут вызывать в тяжелых случаях отек легких.
Проглатывание вызывает симптомы, аналогичных симптомам интоксикацииэтанолом, и также как и употребление этанола может вызвать повреждение печени[1].